台灣與日本有簽訂租稅協定，南區國稅局提醒，公司申報日本所得應注意三點限制，首先是優惠稅率必須採申請制，第二則是相關稅率規定，第三則是日方已納稅額回台抵減的限制。

官員舉例，假設A公司總部設在台灣，子公司設在日本，A公司若要取得來自子公司的500萬元權利金收入，但是忘記事前申請優惠稅率，就會導致這筆收入依20%稅率被扣繳，因此在申報雙邊所得時，事前申請適用優惠就是重點。

其次要注意的是稅率規定，官員表示，台日租稅協議的權利金稅率是10%，理論上A公司只會被扣繳50萬稅額，因此A公司在申報營所稅時，最高也只能抵減50萬稅額，在日本超繳的稅款就不能抵營所稅，這是第三點需要注意的限制。

官員提醒，若營利事業在租稅協定國日本產生所得，卻疏忽未申請優惠稅率，要記得趕緊跟國稅局申請居住者證明，據以向日本申請適用租稅協定。

官員表示，公司申報租稅協定國的所得，與一般的跨國貿易所得申報有些許差異，因為台日簽有租稅協定，因此股利、權利金、各類債權所孳利息等各種收入，皆可以10%優惠稅率辦理扣繳。