為避免境內外不平等課稅，立法院去年三讀通過修正自由貿易港區及國際機場園區營所稅優惠規定，交通部、財政部近日公告相關子法，自今年度營所稅結算申報案件適用，營利事業必須在下一個會計年度第三個月終了前，向自由貿易港區申請核發證明書。

配合歐盟要求的租稅措施，去年立法院通過修法，共三大重點。

首先將自由貿易港區免營所稅適用對象，從原本僅限外商在我國設立的分公司，擴大到無論國內、國外廠商皆適用。

第二，過去外銷100%免稅，內銷僅10%免稅，修法後無論內銷、外銷都是100%免稅；

第三，修法前在自由港區從事簡易加工也可免稅，但修法後為稅基考量，簡易加工必須課營所稅，若從事採購、輸入、儲存或運送等行為，才可免稅。

資誠聯合會計師事務所表示，依據子辦法規定，自今年度開始，自由貿易港區銷售貨物所得要免徵營所稅，須符合兩大條件，首先必須在中華民國境內，只從事準備或輔助性質的活動，例如包裝、區分級別等；第二項條件則是必須經自由港區管理機關審查核准。

KPMG安侯建業聯合會計師事務所則提醒，營業人必須注意申請免徵程序，必須在所得年度的下一會計年度第三個月終了前申請，例如若要申請2019年適用，最慢要在2020年3月31日前，向自由港區管理機關申請核發證明。