依據所得稅法規定，明年房地合一制施行後，出售房產獲利未在規定期限內完成申報，或已申報但短漏所得稅，或完全未辦理申報的稅務違章案件，最輕會被處以3,000元以上、3萬元以下的罰鍰；最重則要按所漏稅款處以三倍以下的罰金。

財政部為使徵納雙方在新制施行後，處理違章漏稅案件有所依循，已經訂定專用於房地合一課稅新制逃漏稅案件的減免罰標準，挑出三種交易樣態，准予在一定條件下，給予完全免罰的優待。

一、 未依限辦理申報，但在未經他人檢舉及未經稽徵機關或財政部指定之調查人員調查前，已自動補報，且如有漏稅情形，並已加計利息補繳漏稅款者。

二、 個人交易因繼承取得的房產，且在交易日之次年綜合所得稅結算申報期限前已自動補報，如有應納稅額亦已加計利息補繳者。財政部表示，屬於這類免罰的交易房產，必須是被繼承人在2015年12月31日前取得，且個人在2016年1月1日以後繼承，做為自用住宅使用的房屋才得適用。

另外，財政部規訂，若交易的房地產為個人在2014年1月2日至2015年12月31日間繼承取得，且個人及被繼承人持有期間合計在二年以內，不符合自住房屋要件者，不在免罰之列。

三、配合稅捐稽徵法第48條之2，對於漏稅在一定金額以下案件提供免罰的「微罪不罰」原則，房地合一新制施行後，出售房產的交易利得，未申報且短、漏報應課稅的交易利得在30萬元以內，或是漏稅額低於4.5萬元的違章案件，經查並無利用他人名義買賣房產情形，其短漏報違章行為亦得以免罰。