證所稅明年廢稅後，個人及營利事業買賣證券利得免稅待遇將更涇渭分明。企業買賣證券交易的利得，仍應全部納入課徵12%最低稅負所得稅；個人部分，除私募證券投資信託基金受益憑證的利得，還要繳納20%最低稅負所得稅外，多數證券交易收益均將享有完全免稅的待遇。

財政部表示，即使個人證所稅明年即將四度廢稅，亦未準備配套重修所得基本稅額條例(即最低稅負制)，包括營利事業因復徵證所稅而將最低稅負課徵稅率自10%調增為12%，目前並無調降計畫；個人買賣未上市櫃股票利得隨同證所稅廢稅之後，也不會再回歸課徵20%最低稅負所得稅，未上市櫃股票利得明年可以完全免稅。

證所稅明年即將廢稅，據估計，個人未上市櫃股票交易利得歷經復徵證所稅與廢止課徵證所稅兩次重大修正後，國庫合計減損的稅收約達60億元。

2012年復徵證所稅之前，個人未上市、櫃股票利得原課徵20%最低稅負所得稅；2012年復徵證所稅後，則轉換改課15%的證所稅。財政部表示，配合復徵證所稅，當年曾併同修正所得基本稅額條例，個人買賣未上市、櫃股票交易利得，已自第12條個人課徵最低稅負的所得稅範圍中刪除。

財政部指出，最低稅負制的課徵範圍採取正面表列原則，免徵或減徵的所得及扣除金額若未明列入法，都不會再被另課一道最低稅負的補充性所得稅。但是，為提高課徵範圍變動的彈性，所得基本稅額條例設有一道「帝王條款」，准許「經財政部公告新增之減免所得」，即使未修法，仍可被納入課徵最低稅負。

不過財政部認為，資本利得屬於爭議性的課稅項目，不宜在不修法明列的情況下，以授權公告方式，將個人未上市、櫃股票交易利得於最低稅負制中局部復徵。財政部亦強調，即使所得基本稅額訂有授權條款，基於審慎原則，個人因稅法賦予的減免稅待遇，至今仍無以「公告」方式，另課以最低稅負所得稅的紀錄。