中小企業從事研究發展，除可提升企業競爭力外，研發支出還能抵稅。南區國稅局表示，中小企業研究發展支出適用投資抵減所得稅，可依「抵減率15％，抵減當年度所得稅」或「抵減率10％，自當年度起抵減3年所得稅」擇一適用，但抵減金額不超過應納稅額3成。

南區國稅局說明，依中小企業發展條例規定，辦理公司登記且符合中小企業認定標準所定基準的公司，從事具備「一定創新程度」研究發展活動支出，可抵減所得稅，但必須在營所稅結算申報期間開始前3個月至申報期間截止日前，向中央目的事業主管機關提出申請，另外在辦理當年度營所稅結算申報時，也要依規定格式填報，送至稅捐稽徵機關核定抵減稅額。

以104年度營所稅結算申報為例，企業應在105年2月1日起至5月31日止，向中央目的事業主管機關出具相關文件，申請認定104年度研發活動是否符合獎勵規定，並在105年5月辦理104年度營利事業所得稅結算申報時，依規定格式填報一併向國稅局提出抵稅申請，以符合規定之申請程序。

國稅局指出，台南某中小企業103年從事研究發展支出800多萬元，於104年5月間辦理當年度營所稅結算申報時，雖依規定格式填報，並向國稅局申請研究發展支出抵減稅額約120萬元，但該公司由於未在104年2月到5月間向經濟部工業局申請審查認定，導致無法適用投資抵減，遭補稅逾120萬並加計利息。

企業申請抵稅時須特別注意，104年度如要適用研究發展支出抵稅獎勵，最慢應在5月底前，向中央目的事業主管機關申請研究發展活動或專案支出認定，並在同年5月辦理營利事業所得稅結算申報時一併填報向國稅局提出申請，以免影響抵稅權益。