兩岸租稅協議簽署後，台商在大陸設置發貨中心、短期營建、安裝與技術服務的收入，將由台灣課徵17%所得稅，大陸地區25%所得稅免再繳納，稅負下降八個百分點；個人及企業取得大陸地區投資所得如股利等，扣繳率亦將降至10%以下，台商因租稅協議獲得租稅利益一年可望超過40億元。

磋商長達六年的兩岸租稅協議，8月底前將在大陸福州完成簽署，行政院陸委會亦已預定，會在9月開議的立法院新會期，將兩岸人民關係條例第25條之2與租稅協議併同送交審查。依據評估，新會期若審查順利，最快明（2016）年兩岸租稅協議即可正式實施。

根據雙方達成的協議內容，台商取得大陸地區的營業利潤、投資所得（股利、利息及權利金）、財產交易所得、海空運事業收入、租金等，均優於大陸或台灣目前已各自對外生效的租稅協定規定。

以營業利潤為例，兩岸租稅協議對兩岸企業取得對外特定範圍的營業利潤准予免徵所得稅，即台商若在大陸地區未設有常設機構（PE），其營業利潤課稅權由台灣取得，大陸地區不再課稅。台灣營所稅率17%，低於大陸地區的25%，未經由常設機構取得的營業利潤最終稅負將由協議訂定前的25%降至17%，台商稅負大減八個百分點。

可被認定為非常設機構者，包括專為儲存、展示或運送屬於該企業貨物而使用的設施，例如發貨中心或物流配銷中心，以及短期營建及安裝工程、短期技術服務的收入等，因兩岸租稅協議的約定，大陸地區將給予免稅待遇。

個人或企業在大陸的投資所得，扣繳稅率也將降至10%以下。目前大陸投資所得法定扣繳稅率為20%，暫行稅率是10%，透過租稅協議，台商或個人在大陸的投資性收入扣繳稅率會再下降。

根據OECD稅約範本，法人直接持股達一定比例以上，股利上限扣繳率為5%。
財政部指出，兩岸租稅協議的簽署效益，台灣優於大陸。根據其委託學者所做的研究，兩岸租稅協議簽署後，台灣地區國庫稅收淨效益約81億元到133億元；台商則可減輕稅負39億元。不過，這份報告是以100年度的所得資料為基礎，財政部認為，協議正式實施後的稅收利益將遠高於這份研究估計。