2015年3月2日台湾经济部商业司认定阿里巴巴台湾分公司在来台注册时，存在“伪装身份”的行为，以新加坡公司的名字注册而不是中国公司，据此对阿里巴巴开出12万新台币罚单。中国最大的电子商务公司居然不承认是中资，为何要以新加坡公司的名义来台开拓业务?据经济部的官员透露，阿里巴巴台湾分公司成立于2008年，当时台湾未开放中资来台投资，阿里巴巴是以新加坡公司的名义在台成立分公司，经济部经过调查阿里巴巴2014年IPO资料确认，阿里巴巴台湾分公司与中国的阿里巴巴集团属同一公司实体，在注册时涉嫌伪装身份，对其处以12万新台币罚款，责令阿里巴巴台湾分公司补充资料。

阿里巴巴集团认为公司的股权结构属国际化资本，中资股东仅占16.28%，大股东Yahoo、软银都不是中国公司，不能被认定为中资，2008年以新加坡公司的名义注册并不违法。经济部认为中资实际控制阿里巴巴集团。 阿里巴巴集团是经营实体是在中国，主要服务和产品也是面向中国市场，在美国IPO时投资者也将阿里巴巴视为中国公司的代表，从资本和股权结构上来说，阿里巴巴到底是不是中资呢?

中国政府部门给出的答案是：阿里巴巴属境外公司(并非本国公司)。2015年2月15日中国国家外汇管理局发布的《2014年中国跨境资料流动监察报告》中，特别说明“阿里巴巴不含在我境内企业境外上市统计中”，2014年在美国挂牌的京东、阿里巴巴、微博等公司均属境外企业，纳入中国外汇管理局统计的境外上市公司必须是在中国注册的法人机构，注册地在开曼群岛的阿里巴巴显然不属于这类。

阿里巴巴集团的业务营运在中国市场，由于是在开曼群岛注册，透过协议控制中国境内实体公司，利润和税均不在中国境内，VIE协议控制结构在中国网络产业非常普遍，设置在开曼群岛的离岸公司能够最大程度上避税，同时也在以外资公司的身份在中国获得一些政策上的扶持，要阿里巴巴承认是中资确实有点难。