北區國稅局指出，公司經人檢舉虛報薪資，如經稽徵機關查證確有虛報情形，即使公司當年度的營利事業所得稅剔除該虛報的薪資費用後仍為虧損，沒有應納稅額，仍應依所得稅法規定處罰。北區國稅局強調，之後縱使公司私下與檢舉人和解，仍須依法究辦。

國稅局舉例說明，甲公司103年度的營利事業所得稅結算申報，經人檢舉虛報薪資，甲公司無法提示相關的證明資料，稽徵機關於是認定其確實有虛報費用。在稽徵機關剔除該筆薪資費用後，核定甲公司當年度營利事業所得稅的全年所得額仍為虧損。

但根據所得稅法第110條第3項規定，營利事業因為受獎勵免稅或營業虧損，導致加計短漏報的所得額後仍然無應納稅額者，應就短漏報的所得額乘以當年度適用的營利事業所得稅稅率，得出稅額後，依稅務違章案件裁罰金額或倍數參考表規定倍數處罰。所以，甲公司仍應就短漏報所得額按其當年度營利事業所得稅稅率核算，按所漏稅額處以二倍以下的罰鍰。

營利事業如果在未經檢舉或稽徵機關查獲前，主動向國稅局提出更正，補繳所漏的稅款和加計利息，就可以免罰。

值得注意的是，如果公司是以建立「人頭」的方式虛報薪資，除了需要補稅、罰鍰外，公司的負責人還須負刑事責任，因觸犯刑法偽造文書及稅捐稽徵法等罪嫌，被移送偵辦；提供身份作為營利事業人頭的民眾，也必須承擔刑事責任，可判處三年的有期徒刑。

國稅局提醒營利事業應確實開立扣繳憑單。而民眾如發現自己被虛報薪資，可以提出相關的有利證明，例如被報為有所得的期間其實仍是在學、服役或是出國，藉此向寄發稅單的當地國稅局提出檢舉。國稅局的查核結果若判定公司確實虛報員工薪資，即會對虛報薪資的公司補稅處罰，並且註銷民眾的該筆薪資所得。